Nach 1200 wurde ein Vikariat genannt. Das Patronatsrecht ging 1270 an den Bischof von Passau. In der zweiten Hälfte des 16. Jahrhunderts wurde Wilfersdorf vom Haus Liechtenstein der Pfarre Mistelbach entzogen und mit protestantischen Geistlichen besetzt. Wilfersdorf wurde 1661 zur Pfarre erhoben.

Von der gotischen Vorgängerkirche aus der ersten Hälfte des 15. Jahrhunderts ist das Erdgeschoß des Turmes und der Chor erhalten. Nach einem Brand 1590 wurde die Kirche wiederhergestellt. Der heutige Kirchenbau entstand von 1742 bis 1744 durch den Maurermeister Andreas Hammer.

Die spätbarocke Saalkirche mit einer südlichen Giebelfront mit seitlich beigestelltem Turm hat einen eingezogenen spätbarocken Nordchor und östlich am Langhaus hinter dem Turm den ehemaligen gotischen Chor der Vorgängerkirche Mariä Himmelfahrt. Nördlich am gotischen Chor steht die Sakristei, welche mit einem Gang entlang des Langhauses östlich den Nordchor erschließt. Unter dem gotischen Chor befindet sich eine Gruft.

Die spätbarocke Ausstattung der Kirche zeigt Stuckplastiken von Antonio Beduzzi.