Die Pfarrkirche ist dem Hl. Sebastian geweiht (Patrozinium am 20. Jänner). 1718 brannte die gotische Sebastianikapelle ab und wurde wieder aufgebaut. Wo sich diese Kapelle genau befand, ist ungewiss. Vermutlich handelte es sich aber um einen Bauteil der alten Kirche. 1719 erlitt die Kirche durch Regenfälle wieder schweren Schaden. 1781 musste die Sebastianikapelle dann wegen Baufälligkeit abgerissen werden.

Infolge dieser Zustände lag bereits 1782 dem Passauer Diözesanbaumeister Peter Mollner der Plan zur Erbauung einer neuen Pfarrkirche zu Kettlasbrunn vor, den dieser wohlwollend beurteilte, sodass in den Jahren 1782 – 1789 der Neubau verwirklicht werden konnte. Anstelle des Heiligen Jakobus wurde für diese neue und eindrucksvolle Barockkirche aufgrund seiner Bedeutung für Kettlasbrunn nun als Kirchenpatron der Heilige Sebastian gewählt.

Da das Gotteshaus nach seiner Fertigstellung nur durch Dechant Franz Xaver Romayer am 19. Jänner 1789 benediziert worden war, konnte am 12. September 1901 eine feierliche Konsekration durch Weihbischof Dr. Johann Schneider nachgeholt werden. 1928 wurde der elektrische Strom in die Kirche eingeleitet und das Turmdach erneuert. Seit damals hat der Turm seine charakteristische Zwiebelform.